Севастопольский учёный из ИнБЮМ проводит дорогостоящие генетические исследования

В Институте биологииюжных морей появилось новое современное оборудование. Дорогостоящая техникапозволила существенно продвинуться в генетических исследованиях лабораториибиоразнообразия и функциональной геномики мирового океана. О своей работе поизучению плоских червей, паразитирущих на жабрах различных рыб Чёрного моря,рассказала младший научный сотрудник лаборатории Екатерина Водясова.

Уже около годаЕкатерина Водясова посвятила изучению генотипирования плоских червей,паразитирующих на многих видах промысловых рыб по всему миру. Эти маленькиеорганизмы живут, располагаясь на жабрах рыб. Для молодых особей они могут бытьсмертельно опасны. Так, например, в Норвегии в водоёмах, куда попал плоскийчервь, происходит мор молоди лосося. В акватории нашего региона тоже водитсяразновидность этого паразита – лигофорус. Паразитирует он преимущественно нанекоторых видах кефали – лобане, пиленгасе и сингиле.

ЕКАТЕРИНА ВОДЯСОВА, младший научный сотрудник лабораториибиоразнообразия и функциональной геномики мирового океана Института биологииюжных морей им. А.О. Ковалевского РАН: «Для человека это,конечно, не опасно, но мы до сих пор не знаем, насколько он опасен для самойрыбы. Особенно, когда она находится в молодом состоянии. Для того, чтобы этопонять, нам нужно изучить его геном – это то, из чего состоит наш организм,благодаря чему мы вообще способны жить и сопротивляться бактериям и всемфакторам, которые нас окружают».

Масштабноеисследование состоит из нескольких этапов. Во-первых, необходимо собратьматериал – для достаточного количества образцов необходимо обследовать около200 рыб.

ЕКАТЕРИНА ВОДЯСОВА, младший научный сотрудник лабораториибиоразнообразия и функциональной геномики мирового океана Института биологииюжных морей им. А.О. Ковалевского РАН: «Первый этап – намнеобходимо исследовать жабры рыб, вообще, заражена рыба или нет. Потому чтозараженность зависит от температуры воды, от сезона – осень, зима или лето.Бывает, что мы смотрим рыбу, а на ней нет паразитов. Паразиты очень маленькие.Если вы представите, они где-то четверть миллиметра – глазами их увидетьневозможно, поэтому, конечно, нам нужны микроскопы».

Когда пробы готовы, ихзагружают в специальный прибор – секвенатор. При поддержке Департаментаобразования Правительства Севастополя и Российского фонда фундаментальныхисследований Институту биологии южных морей удалось получить региональный грантна покупку одной из наиболее высокотехнологичных моделей техники, а такжепроведение самих исследований. Если само оборудование стоит не очень дорого, тореактивы обходятся примерно в 160-200 тысяч на один запуск прибора.

«Вот это у нас ячеечка, которая будет помещаться непосредственнов секвенатор. Здесь у нас окошечко для загрузки. Сейчас мы будем туда загружатьпробу. Сначала нам нужно убрать лишнюю жидкость, чтобы обеспечить место длязагрузки пробы. Вот мы её убрали и сейчас будем помещать нашу пробу, которуюсразу отнесём на секвенатор».

В приборе находитсятак называемая пора, которая считывает проходящую через неё нить ДНК из пробы.Так вырисовываются целые цепочки «кирпичиков» ДНК, которые могут собрать и проанализироватьспециалисты. Приборы прошлых поколений позволяли анализировать только по одномукирпичику. Собирать из них общую картину было гораздо дольше и сложнее.

ЕКАТЕРИНА ВОДЯСОВА, младший научный сотрудник лабораториибиоразнообразия и функциональной геномики мирового океана Института биологииюжных морей им. А.О. Ковалевского РАН: «Существует целаякоманда биоинформатиков, которая помогает собирать эти кирпичики в одну большуюдорогу. И уже на этой дороге мы ищем гены, которые показывают нам, восприимчивэтот паразит к каким-то внешним воздействиям или нет».

Длябиоинформатического анализа к исследованию привлекли коллег из Институтацитологии и генетики в Новосибирске. Они помогут собрать полный геном плоскогочервя и проанализировать его, выяснив особенности его воздействия на рыб испособы борьбы с этим паразитом. Результаты работы учёные обещают представитьнаучному сообществу уже в сентября.

София Драговоз, Анатолий Паньков, «Севинформбюро»