Церковь Николая Чудотворца находится в микрорайоне Стройгородок. История храма началась еще в 19 веке, когда близ крепости Ени-Кале был воздвигнут храм, в то время принадлежавший греческой епархии. В годы войны здание частично уцелело, в сохранившихся помещениях и проводились богослужения.

В начале 20 века церковь была закрыта, а в ее помещениях расположилось сначала медицинское учреждение, а затем сюда переселили людей. Через некоторое время здание полностью разрушилось.

Уже в начале 21 века на базе бывшей Свято-Успенской церкви и придела в честь Святителя Николая было решено создать храм в центре микрорайона Стройгородок, где и освятили земельный участок.